Phytoplankton dient als Nahrung von Zooplankton und erfüllt im Aufzuchtbecken wichtige Funktionen, die für eine gute Wasserqualität sorgen. Deshalb sollte man auch Phytoplankton kultivieren. Jede Algenart hat einen unterschiedlichen Gehalt an hochgradig ungesättigten Fettsäuren. Diese sind für die Aufzucht mariner Fischlarven überlebenswichtig.
Man sollte möglichst viele verschiedene Algenkulturen haben. Eine sehr gute Lösung ist 3 Algenkulturen auf einmal zu kultivieren.